Antik dönemde batı Anadolu’nun önemli kentlerinden birisi olan Halikarnassos, Bodrum’un şehir merkezinde bugünkü modern yerleşimin kurulduğu alanda yerleşiktir. 

Herodot’a göre Halikarnassos, İ.Ö. 1100 yıllarında kurulmuştur. Bodrum Kalesi’nin üzerinde bulunduğu Zephyron yarımadasında yapılan kazılarda bulunan Miken devrine ait seramik parçalarının bulunması, Bodrum’un 1100 yılından önce de yerleşim yeri olduğunu göstermektedir. Yapılan yorumlarda, Halikarnassos adından önce eski kayıtlarda kentin Zephyron olarak adlandırılmış olabileceği düşünülmektedir.

Başlangıçta Dor yerleşimi olan Halikarnassos, İonyalıların etkisi altına girmiş ve İ.Ö. 5. yüzyıldan itibaren İon kenti olarak anılmaya başlamıştır.

İ.Ö. 545 yılında Pers hakimiyetine giren kent, bir süre tiranlar yönetiminde kaldı. Pers kralının emriyle bölgenin, İ.Ö. 395 yılında satraplık haline getirilmesi ile Kindyalı Hyssaldomos’un oğlu Hekatomnos, Mylasa’da Karia Satrabı oldu. İ.Ö. 377 yılında ölümü ile yerine oğlu Maussollos geçti. Maussollos, başkenti Mysala’dan Halikarnassos’a taşıdı. Oldukça büyük sınırlara sahip, Yunan “polis” örneğinde baştan sona yepyeni bir kent inşa etti. 

Bölgede bulunan 8 Leleg kentinden altısının halkını zorla Halikarnassos’a taşıdı. Satraplığı döneminde kenti anıtsal yapılarla donattı. Bunlardan bazıları kendi sarayı, 7 kilometreyi bulan şehir surları ve ölümünden sonra tamamlanan Antik dönemin yedi harikasından biri olarak kabul edilen Maussolleion Anıt Mezarı.

 

İ.Ö. 353 yılında ölümünün ardından yerine kız kardeşi ve aynı zamanda eşi olan Artemisia geçti. İ.Ö. 334 yılında Büyük İskender’in bölgeye hakim olmasına kadar değişik satraplarca yönetilen Halikarnassos, Büyük İskender’in bölgeye hakim olmasıyla Pers egemenliğinden kurtuldu. 

Büyük İskender’in ölümü ile dört komutanı tarafından paylaşılan imparatorluğundan Halikarnassos, diğer Karia kentleri gibi Mısır’ı alan Ptolemaios’un yönetimine girdi. İ.Ö. 188 yılına kadar bu soy tarafından yönetildi.

Bir süre Roma tarafından Rodos’un yönetimine bırakılan Karia kentleri İ.Ö. 167 yıllarında Roma ile Rodos’un arasının bozulması üzerine özgürlüklerine kavuştular. Halikarnassos, İ.Ö. 129 yılında kurulan Provincia Asia sınırları içine girdi. 

İ.S. 4. yüzyılda Diokletianus döneminde Roma eyaletleri tekrar düzenlenirken Karia ayrı bir eyalet haline getirildi. Hıristiyanlığın resmi din olarak kabul edilmesinin ardından da Halikarnassos Piskoposluk merkezi oldu ve Aphrodisias Metropolitliği’ne bağlandı.

İ.S. 11. yüzyılda Türklerin egemenliğine geçen Halikarnossos, 1096-1099 yıllarındaki Birinci Haçlı Seferi sıranda tekrar Bizans hakimiyetine geçmiştir. İ.S. 13. yüzyılın ortalarında Menteşe Beyliği Halikarnassos’u tekrar ele geçirdi ve burada bir kale inşa etti. 

1402 yılında Yıldırım Beyazıt’ın Aksak Timur’a yenilmesi ile Anadolu Birliği dağılmış; Saint Jean şövalyeleri, Osmanlı Padişahı Mehmet Çelebi’nin izniyle Mesy adını verdikleri Halikarnassos’a yerleştiler. Menteşe Beyliği’nin yaptırdığı kale üzerine St. Peter adını verdikleri kaleyi inşa ettiler. Bu kalenin yapımında Maussolleion alanı taş ocağı gibi kullanılmıştır. 

Halikarnassos, 1523 yılında Kanuni Sultan Süleyman’ın Rodos’u fethi ile tekrar Osmanlı İmparatorluğu’na katıldı.

Bodrum, Osmanlı tarihinde denizcilik açısından, özellikle 18. yüzyılın sonlarından itibaren oldukça önemli bir yer haline geldi. Bodrum’un düzenli olarak gelişmesinde Osmanlı denizcilerinin 18. ve 19. yüzyıllarda önemli bir rol üstlendiği görülmektedir. 1770 yılında Osmanlı Donanması’nın Çeşme’de uğradığı hezimetten sonra, Akdeniz’de önemli kıyı şehirlerini bombardımana tabi tutan Ruslar, 1773 yılında da Bodrum Kalesi’ne ateş açarak kaleyi kuşatmalarına rağmen başarılı olamayarak geri çekildiler. Osmanlı devleti donanmasını yeniden yapabilmek için, Bodrum’da bir tersane kurdu. 

Bodrum, 1824'deki Yunan ayaklanmasında da Osmanlı Donanması’nın üssü olarak kullanıldı.

Birinci Dünya Savaşı sırasında "Duplex" adlı Fransız savaş gemisi Bodrum'a ateş açmış, ancak karaya asker çıkamamıştır.

İtalya, 11 Mayıs 1919 sabahı Bodrum’u işgal etti. İstiklal Savaşı’nın Türkler lehine gelişme göstermesi üzerine İtalyanlar, 5 Temmuz 1921‘de Bodrum’dan ve Muğla çevresinden ayrıldılar.

Bodrum’un 1914 yılındaki nüfusu 19.991’dir. Bu nüfusun 15.757’si Müslüman, 4.028’i Rum ve 206’sı Musevi’ydi. 

Bodrum (Halikarnas), tarih boyunca bölgenin önemli şehirlerinden birisi oldu. Bölge tarihçi Heredot'u; tarihin ilk kadın amirali olan I. Artemisia’yı; Leachares, Shepas gibi sanatçıları yetiştirdi.